Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada (FKH-UGM) merupakan lembaga pendidikan tinggi kedoktern hewan yang didirikan selama perjuangan kemerdekaan Indonesia. Pada masa penjajahan Belanda di Indonesia tahun 1861 J. Van der Wiede seorang Gouvernements Veearts ditugaskan mendirikan sekolah dokter hewan di Surabaya yang kemudian dalam perjalanannya dibubabarkan. Pada tahun 1910 didirikan Indische Veeartsen School di Bogor yang menjadi cikal-bakal Lembaga Pendidikan Dokter Hewan di Indonesia yang pada tahun 1920 berubah nama menjadi Nederlandische Indische Veeartsen School (NIVS).
Pada masa kemerdekaan, Menteri Kemakmuran Republik Indonesia menetapkan Sekolah Kedokteran Hewan di Bogor menjadi Perguruan Tinggi Kedokteran Hewan (PTKH) yang diresmikan pada bulan November 1946 dengan Surat Keputusan Menteri Kemakmuran RI tanggal 20 September 1946 dengan No. 1280/a/Per (tanggal SK tersebut dijadikan tanggal kelahiran FKH UGM). Pergolakan perang kemerdekaan mengakibatkan Perguruan Tinggi Kedokteran Hewan di Bogor dikuasai pemerintah Belanda dan para mahasiswanya saat itu kebanyakan berada di luar Bogor untuk berjuang melawan Belanda dan tidak mau masuk ke kampus Bogor. Tahun 1947 dibuka kelas paralel di Klaten (Jawa Tengah) yang menjadi tempat belajar bagi mahasiswa yang tidak mau masuk ke kampus yang dikuasai oleh Belanda.
Pada tanggal 19 Desember 1949, pemerintah RI mendirikan Universiteit Negeri Gadjah Mada, yang terdiri dari gabungan semua Perguruan Tinggi di Yogyakarta dan PTKH termasuk di dalamnya dan diubah namanya menjadi Fakultet Kedokteran Hewan dan menempati beberapa lokasi milik Kasultanan Yogyakarta untuk penyelenggaraan perkuliahannya seperti pagelaran, Balapan, Bintaran, Ngasem.
Pada tahun 1955, nama Fakultet Kedokteran Hewan berubah menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) yang akhirnya pada tanggal 10 November 1969 FKHP dipisah menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Fakultas Peternakan.
Pada tahun 1987 FKH dilengkapi dengan gedung Laboratorium Diagnostik di Klebengan dan tahun 1992 dilengkapi dengan Teaching Farm. Mulai tahun 2003, FKH menempati kampus baru di Jl. Fauna No. 2 Karangmalang dengan fasilitas gedung dan peralatan baru dan tahun 2006 FKH UGM secara resmi memiliki rumah sakit hewan dengan dikeluarkannya SK Rektor tanggal 9 Oktober 2006 No. 328/P/SK/HT/2006 penetapan Rumah Sakit Hewan Prof. Soeparwi.